De la reconstruction de génomes ancestraux vers l'aide à l'assemblage

Sèverine Bérard (Institut des Sciences de l'Evolution - Montpellier)
Thursday, May 17, 2018 - 10:30
Room Minquiers
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Nous présenterons une méthode permettant de reconstruire des génomes ancestraux dans un contexte phylogénétique. Cette approche retrace l'histoire évolutive des adjacences de gènes en prenant en entrée les ordres de gènes dans les espèces actuelles et les arbres phylogénétiques des gènes et des espèces, et en optimisant un critère de parcimonie. L'algorithme sous-jacent est basé sur le principe de programmation dynamique, ce qui permet de traiter de gros jeux de données en temps raisonnable. Plusieurs modifications de ce premier algorithme ont permis, entre autre, de reconstruire à la fois les ordres de gènes ancestraux et actuels, permettant ainsi d'améliorer le scaffolding des génomes actuels. La méthode est également capable d'inférer des scores de confiance aux adjacences prédites et de prendre en entrée des données de séquençage appariées. Nous montrerons l'application de notre méthode sur un jeu de données de 18 moustiques Anopheles où nous avons pu réduire le nombre de scaffolds de plus de 60 %. Cette méthode est implémentée dans le logiciel DeCoSTAR (http://pbil.univ-lyon1.fr/software/DeCoSTAR/get.html