Mise en place de panels de référence sur la population française pour aider à l’interprétation des données issues du séquençage nouvelle génération.

Emmanuelle Genin (UMR 1078 Genetics, functional genomics and biotechnology )
Thursday, February 1, 2018 - 10:30
Room Minquiers
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Les nouvelles techniques de séquençage permettent aujourd’hui de caractériser l’ensemble des variations génétiques présentes sur tout le génome ou sa partie codante (exome) d’un individu. On peut ainsi mettre en évidence de nouveaux variants génétiques impliqués dans des maladies monogéniques ou facteurs de risque de maladies complexes. Les méthodes d’analyse et les problématiques posées pour l’étude de ces deux types de maladies sont différentes mais dans les deux cas, le défi majeur qui se pose est celui de l’interprétation de la fonctionnalité des variants découverts. En effet, chaque exome humain contient environ 100 000 variations nucléotidiques dont certaines sont rares et non répertoriées dans les bases de données. Utiliser cette information sur la fréquence pour juger du caractère potentiellement délétère de la variation pose cependant problème car les bases de données actuellement disponibles ne contiennent pas d’exomes provenant de nos régions géographiques. Or, toutes les études d’association pangénomiques réalisées ces dernières années ont montré que des variations de fréquences alléliques existent entre pays en Europe et même au sein d’un même pays selon la région géographique. Ces variations de fréquences détectables sur les variants génétiques fréquents et donc en général plus anciens doivent exister et de manière encore plus importante pour les variants génétiques rares apparus plus récemment dans les populations et n’ayant donc pas eu le temps de se disperser dans l’espace. Disposer de bases de données de génomes français semble donc être un préalable indispensable pour exploiter l’information génétique apportée par le séquençage. C’est dans ce but que nous avons mis en place différents projets nationaux que nous présenterons dans cet exposé en montrant ce qu’ils apportent par rapport aux bases de données internationales et dans le contexte de la mise en place du plan France Médecine Génomique 2025 qui vise à introduire le séquençage dans la pratique clinique.