Assemblage de génome et topologie algébrique

Jean-François Gibrat (INRA)
Thursday, January 16, 2020 - 10:30
Room Aurigny
Talk abstract: 

Le séminaire présente un travail, encore préliminaire, sur l'assemblage de génome à partir de données de séquenceurs de 3e génération (PacBio et Oxford Nanopore Technology). Dans un premier temps, je présenterai un algorithme efficace pour assembler ces lectures,  basé sur l'analyse d'un graphe OLC (Overlap-Layout-Consensus). Dans un second temps, je montrerai comment on peut utiliser certains concepts de topologie algébrique (les nombres de Betti) pour analyser les caractéristiques du graphe OLC et déterminer à l'avance si l'assemblage sera simple ou s'il faudra rechercher les "noeuds" et identifier les "boucles" dans le graphe occasionnées par les régions répétées non résolues du génome.