Séquençage SMRT et génome mitochondrial atypique des cloportes.

Jean Peccoud (université Poitiers)
Thursday, April 6, 2017 - 10:30
Room Aurigny
Talk abstract: 
Les cloportes (Isopodes: oniscidés) possèdent un génome mitochondrial curieux. Il est composé d’une unité génomique de 14 kb dans une molécule linéaire, et d’un dimère circulaire de 28 kb composé de 2 unités en palindrome. Chaque individu porte les deux types de molécules.
Par ailleurs, un même locus de ce génome semble coder 2 ARNt car chaque individu présente une variation d’un nuclétotide (SNP) au niveau de l’anticodon. Ainsi, ce locus peut, selon la base du SNP, coder pour l’ARNt Valine ou l’ARNt Alanine. Deux autres locus "double ARNt" ont été identifiés au sein de plusieurs espèces de cloportes. La variation à chacun de ces locus doit être maintenue dans chaque individu sous peine de mort par défaut d’un gène d'ARNt. Ceci constituerait une hétéroplasmie:  la présence de molécules d'ADN homologues portant différentes séquences dans le cytoplasme. Cette hétéroplasmie vitale serait maintenue depuis des millions de générations.
Cependant, il reste possible que cette apparente hétéroplasmie reflète le fait que les 2 unités génomiques composant le dimère ne soient pas totalement identiques, et que chacune code un jeu d’ARNt. Le dimère dans son ensemble pourrait coder tous les ARNt vitaux. Cette hypothèse en contredit néanmoins une autre : on suppose que le dimère provient de la réplication du monomère, chaque brun du monomère devenant une unité génomique du dimère. Le dimère devrait donc être totalement palindromique, et ne pas pouvoir encoder plus d’ARNt que le monomère dont il est issu. Comment résoudre ce casse-tête ?
 Le séquençage SMRT (Single Molecule Real Time) de Pacific Biosciences a permis d’apporter des réponse définitives à ce questionnement, en clarifiant l’hétéroplasmie, les conversions entre dimères et monomères, ainsi que l’évolution de ce génome atypique.