neXtProt : la plateforme de connaissance de l’Institut Suisse de Bioinformatique sur les protéines humaines Lydie Lane et l’équipe neXtProt

Lydie Lane (SIB)
Thursday, November 21, 2019 - 10:30
Room Aurigny
Talk abstract: 

La base de connaissance neXtProt (www.nextprot.org) a été créée en 2011 pour faire face à l’afflux de données « omiques » sur les protéines humaines (1). Elle reprend l’ensemble des séquences humaines d’UniProtKB/Swiss-Prot et des annotations associées, et y ajoute de nombreuses données de génomique, transcriptomique et protéomique sélectionnées sur des critères de qualité particulièrement stricts. La version actuelle de neXtProt comprend plus de 6 millions de variants génétiques, près de 2 millions de peptides identifiés par spectrométrie de masse, et de nombreuses données sur la localisation et la fonction des protéines humaines (2). Libre et gratuite d’accès (sous licence « Creative Commons Attribution »), neXtProt a été choisie en 2013 comme base de données de référence pour le « Human Proteome Project » du consortium HUPO (3)(4). Le modèle de données RDF de neXtProt, son interface de programmation applicative (API) et son point d’accès SPARQL permettent une bonne interopérabilité avec d’autres ressources. Pour faciliter l’écriture des requêtes SPARQL par nos utilisateurs, nous offrons une liste de près de 200 requêtes prêtes à être modifiées (5)(6). Toutefois, nous aimerions encore améliorer l’ergonomie de notre moteur de recherche et sommes ouverts à des collaborations dans ce domaine.

Lydie Lane et l’équipe neXtProt.
Groupe CALIPHO, SIB Institut Suisse de Bioinformatique & Département de Microbiologie et médecine moléculaire, Université de Genève, Suisse

1. Lane,L., Argoud-Puy,G., Britan,A., Cusin,I., Duek,P.D., Evalet,O., Gateau,A., Gaudet,P., Gleizes,A., Masselot,A., et al. (2012) NeXtProt: A knowledge platform for human proteins. Nucleic Acids Res., 40.
2. Gaudet,P., Michel,P.-A., Zahn-Zabal,M., Britan,A., Cusin,I., Domagalski,M., Duek,P.D., Gateau,A., Gleizes,A., Hinard,V., et al. (2017) The neXtProt knowledgebase on human proteins: 2017 update. Nucleic Acids Res., 45, D177–D182.
3. Gaudet,P., Argoud-Puy,G., Cusin,I., Duek,P., Evalet,O., Gateau,A., Gleizes,A., Pereira,M., Zahn-Zabal,M., Zwahlen,C., et al. (2013) NeXtProt: Organizing protein knowledge in the context of human proteome projects. J. Proteome Res., 12.
4. Omenn,G.S., Lane,L., Overall,C.M., Corrales,F.J., Schwenk,J.M., Paik,Y.-K., Van Eyk,J.E., Liu,S., Pennington,S., Snyder,M.P., et al. (2019) Progress on Identifying and Characterizing the Human Proteome: 2019 Metrics from the HUPO Human Proteome Project. J. Proteome Res., 10.1021/acs.jproteome.9b00434.
5. Duek,P., Gateau,A., Bairoch,A. and Lane,L. (2018) Exploring the Uncharacterized Human Proteome Using neXtProt. J. Proteome Res., 17, 4211–4226.
6. Zahn-Zabal,M. and Attwood,T.K. (2019) A Critical Guide to the neXtProt knowledgebase: querying using SPARQL. F1000Research, 8.