Un voyage bioinformatique dans l’océan des données cytométriques de grandes dimensions

Nicolas Tchichek
Thursday, September 21, 2017 - 10:30
Room Minquiers
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La cytométrie en flux et de masse sont des techniques expérimentales qui permettent de mesurer des protéines exprimées par des cellules à une résolution cellulaire (single-cell profiling). La cytométrie en flux peut actuellement mesurer jusqu'à 18 marqueurs cellulaires pour des millions de cellules. La cytométrie de masse, qui a été introduite plus récemment, peut mesurer jusqu'à 40 marqueurs cellulaires pour des centaines de milliers de cellules.

L’analyse de ces données nécessite des nouvelles approches bioinformatiques pour identifier les principales populations cellulaires dans ces matrices tridimensionnelles de grandes dimensions. Ainsi, des algorithmes comme SPADE, viSNE ou Citrus ont été proposé pour identifier automatiquement les populations cellulaires présentes dans des profils cytométriques. Une fois ces populations cellulaires détectées des analyses bioinformatiques complémentaires sont nécessaire pour sélectionner les populations ayant un intérêt biologique particulier.

Je présenterai dans ce séminaire des approches bio-informatiques que nous avons développées récemment dans notre laboratoire. Plus précisément, nous avons conçus des algorithmes qui permettent : (i) d’identifier les populations cellulaires ayant des phénotypes et comportements pertinents ; (ii) de comparer statistiquement les phénotypes des populations cellulaires ; et (iii) de combiner les informations phénotypiques de populations cellulaires obtenues à partir d’expériences différentes.

Enfin, je conclurai en discutant des limites des approches bio-informatiques existantes et ainsi des nouveaux défis à relever dans le futur.