Algorithmique pour les peptides non ribosomiques

Yoann Dufresne (univ. lille)
Thursday, June 29, 2017 - 10:30
Room Aurigny
Talk abstract: 
La composition monomérique de polymères joue un rôle essentiel dans la comparaison de structures et dans la biologie de synthèse. Cependant, la plupart des ressources moléculaires en ligne donne accès à la structure atomique des molécules et non à leur structure monomérique. C'est dans ce contexte que j'ai développé au cours de ma thèse, un outil appelé Smiles2Monomers (s2m) dédié à la création d'un pont entre ces deux structures.
 
Au cours de la présentation, nous reviendrons sur les aspects algorithmiques de graphes liés aux recherches de structures. Nous verrons, entre autre, comment il est possible d'effectuer des recherches exactes de sous graphes en optimisant le temps dépensé.
Au delà de l'aspect algorithmique, je présenterai également les applications concrètes de ces algorithmes dans l'optique d'améliorer la base de donnée Norine. Nous pointerons les avantages de l'utilisation de s2m autant dans la limitation du nombre d'erreurs ajoutées à la base par les utilisateurs, la correction des erreurs déjà présentes ainsi que l'entrée automatique de nouvelles données.