Symbiose seminars

  • Sequence similarity networks, a pragmatical tool to explore processes acting on the microbial dark matter

    Lucie Bittner (Université Pierre et Marie Curie - Paris)
    Thursday, October 6, 2016 - 10:30
    Room Minquiers
    Talk abstract: 

    Sequence similarity networks (SSN) are extremely useful for biologists because, in addition to allowing a user-friendly visualization of the genetic diversity from huge high-throughput sequencing data sets, they can be studied analytically and statistically using graph topology metrics. SSN have recently been adapted to address an increasing number of biological questions investigating both patterns and processes: e.g. population structuring; genomes heterogeneity; microbial complexity and evolution; microbiome adaptation or to explore the microbial dark matter. In metagenomic microbial studies, SSN offer indeed an alternative to classical and potentially biased methods, and thus facilitate large-scale analyses and hypotheses generation, while notably including unknown/dark matter sequences in the global analysis. During this seminar, I will present concrete examples of microbial dark matter mining using SSN developed in my research team: (i) population structure of uncultivated microbes in the global ocean, (ii) research of ecological/life-traits biomarkers in massive functionally unannotated datasets.

     

  • The Common Workflow Language v1.0: ready for production, ready for the futur

    Michael R. Crusoe Community Engineer and co-founder, the Common Workflow Language project
    Thursday, September 29, 2016 - 10:30
    Room Markov
    Talk abstract: 

    The Common Workflow Language project produces standards that describe POSIX command line tools and workflows made from them. They also have a reference implementation and a growing community repository of CWL descriptions with an emphasis on bioinformatics. This talk will review the capabilities of the 1.0 release of the CWL standards and sketch out where the speaker sees these standards and community going over the next few years. Topics will include using and propagating metadata, models for community development and maintenance of workflows, and prospects for workflow conversion. The speaker is very interested in learning about related research efforts; time will be allotted for discussion.

     

     

     Common Workflow Language project: http://www.commonwl.org/

  • Problème à frontière libre pour la formation de protrusions à l’échelle de la cellule

    Clair Poignard (Inria Bordeaux)
    Thursday, September 22, 2016 - 10:30
    Room Aurigny
    Talk abstract: 

    Nous présentons un modèle à frontière libre à deux phases pour modéliser la formation de protrusions à l’échelle de la cellule. La membrane cellulaire est décrite à l’aide d’une fonction level-set dont le mouvement est dû au gradient d’un signal chimique. Le modèle consiste en un couplage  à travers la membrane entre une phase interne (le signal chimique) et une phase externe (la dégradation de la matrice extracellulaire). La vitesse de la frontière libre est proportionnelle au gradient du signal intérieur, ce qui génère des difficultés à la fois théoriques et numériques. Bien que simpliste, notre modélisation présente des avantages par rapport aux modélisations existantes, notamment car la vitesse de formation de la protrusion n’est pas donnée a priori mais résulte du modèle. Un travail à long terme consisterait à enrichir ce modèle de la cascade de réactions chimiques intra-cellulaires générant le signal.

  • TBA

    Marc Cuggia et Guillaume Bouzillé (Université Rennes 1)
    Thursday, September 8, 2016 - 10:30
    Room Aurigny
    Talk abstract: 

    TBA

  • BWT-based indexing structure for metagenomic classification

    Karel Brinda (Université de Marne-la-Vallée)
    Thursday, July 7, 2016 - 10:30
    Room Aurigny
    Talk abstract: 
    Metagenomics is a powerful approach to study genetic content of environmental samples, which has been strongly promoted by NGS technologies. One of the main tasks is the assignment of reads of a metagenome to taxonomic units, and the subsequent abundance estimation. Most of recently developed programs for this task (such as LMAT, KRAKEN, KALLISTO) perform the assignment based on shared k-mers between reads and references. In such an approach, two major algorithmic subproblems can be distinguished: designing a k-mer index for a huge database of reference genomes and a given taxonomic tree, and designing an algorithm for assigning reads to taxonomic units from information on shared k-mers. In this talk, we consider the problem of index design and present a novel data structure that provides a full list of genomes containing a queried k-mer. The structure is based on BWT-index applied to sequences encoding k-mers proper to each node of the taxonomic tree. We analyse the usefulness of this index and evaluate it in terms of speed and memory requirements.
     
     
  • Parallel Shortest-Path Queries in Planar Graphs

    Hristo N. Djidjev (Los Alamos National Laboratory)
    Thursday, June 23, 2016 - 10:30
    Room Aurigny
    Talk abstract: 
    The query version of the shortest path problem allows the user to precompute information in the form of a data structure that would allow subsequently, when given any pair of vertices, to compute the shortest path between them very fast. It has been used in route-planning services such as Google Maps. We develop several parallel algorithms for shortest path queries in planar graphs that use graph partitioning in the preprocessing phase to precompute and store distances between selected pairs of vertices. In the query phase, given a pair of arbitrary vertices v and w, the stored information is used to find the distance between them. The algorithms are implemented and tested on a high performance cluster with upto 256 16-core CPUs and their performances are analyzed and compared.
     
     
  • Modifications du génome et de l’épigénome dans le lymphocyte B et la cellule stromale en réponse à l’antigène

    Karin Tarte & Thierry Fest
    Thursday, June 16, 2016 - 10:30
    Room Aurigny
    Talk abstract: 

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  • Etude d’un réseau toxico-génomique pondéré en vue de la prédiction in-silico de la toxicité des substances chimiques

    Emmanuelle Becker
    Thursday, June 9, 2016 - 10:30
    Room Aurigny
    Talk abstract: 

    L’Union Européenne a récemment coordonné une campagne de recensement
    ayant dénombré plus de 100 000 substances dont seulement 3% ont fait
    l’objet d’analyses approfondies pour en évaluer la toxicité et établir
    des liens avec des pathologies humaines et des phénotypes délétères.
    Suite à ce constat, elle a depuis 2007 mis en place le programme
    Registration, Evaluation, Authorization of CHemicals (REACH), qui
    impose aux industriels produisant ou important des produits chimiques
    sur le territoire européen d’évaluer leur toxicité et de démontrer
    l’innocuité de ceux-ci . Parmi les différentes approches qui existent
    pour évaluer la toxicité d’une substance, l’utilisation de modèles
    animaux (in vivo ou ex vivo) reste la plus utilisée. Cependant, cette
    approche n’est pas optimale pour plusieurs raisons : (i) il existe des
    différences entre ces organismes modèles et l’homme; (ii) ces
    techniques sont onéreuses et relativement complexes à mettre en place
    ; et enfin (iii) le nombre d’animaux à sacrifier pour mener à bien ces
    études est extrêmement important.
    La prise en compte simultanée de l'ampleur du défi que représente
    l'investigation toxicologique de milliers de composés, et de leurs
    potentiels mélanges, ainsi que la complexité et le coût des approches
    in vivo, ex vivo et in vitro existantes, pousse les législateurs et
    scientifiques à considérer les approches prédictives in silico comme
    des compléments pertinents aux approches expérimentales.
    L'objectif serait ici de développer une méthode permettant une
    caractérisation fine de la toxicité, qui permette de différencier les
    différents types de toxicité (nephrotoxicité, neurotoxicité,
    reprotoxicité…) en se basant sur la signature toxico-génomique du
    composé. La signature toxico-génomique se définit par l’ensemble des
    gènes différentiellement exprimés suite à une exposition. Dans un
    premier temps, nous décrirons les données utilisées ainsi que leur
    traitement en vue d’aboutir à une matrice de signatures
    toxico-génomiques. Nous présenterons ensuite la construction d’un
    réseau pondéré de signatures toxico-génomiques, et étudierons quelques
    propriétés de celui-ci. Enfin, nous nous intéresserons à la modularité
    au sein de ce réseau, avant de tester la pertinence du transfert
    d’annotations de toxicité via les modules de ce réseau.

  • Inférence et interrogation de réseaux biologiques

    Mohamed Elati
    Thursday, May 12, 2016 - 10:30
    Room Aurigny
    Talk abstract: 
    Inférer et interroger (extraire de la connaissance) de réseaux biologiques, guidés par des données de type omics, est actuellement un domaine de recherche actif avec de nombreuses applications en biologie systémique et synthétique. L'apprentissage automatique avec son large éventail de techniques joue un rôle majeur, impliquant le développement des méthodologies "cas par cas". 
    Dans cet exposé, je présenterai des outils pour i) inférer des réseaux de régulation des gènes, y compris leurs motifs cis-régulateurs; ii) estimer l'activité des facteurs de transcription et iii) extraire de modules fonctionnels. J’illustre mon propos par des exemples de projets en cours dans l’équipe.
  • TBA

    Caroline Baroukh
    Thursday, April 28, 2016 - 10:30
    Room Aurigny
    Talk abstract: 

    TBA

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